| 1 | Martin Bína (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | 1:00:02 |
| 2 | Tomáš Paprstka (Cze) REMERX-MERIDA TEAM Kolín | Row 1 - Cell 2 |
| 3 | Michael Boroš (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | 0:00:02 |
| 4 | Jakub Skála (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | 0:00:06 |
| 5 | Vojtech Nipl (Cze) FOCUS CYCLING ZNOJMO | 0:00:54 |
| 6 | Matej Lasák (Cze) MAX CURSOR | 0:01:04 |
| 7 | Ondrej Bambula (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | 0:01:10 |
| 8 | Robert Gavenda (Svk) Dukla Trencín Trek | 0:01:38 |
| 9 | Jirí Polnický (Cze) Whirlpool - Author | 0:01:53 |
| 10 | Jan Nesvadba (Cze) Madeta - Fitness / Specialized | 0:02:05 |
| 11 | Vladimír Kyzivát (Cze) Johnson Controls TJ Auto Škoda | 0:02:18 |
| 12 | Filip Eberl (Cze) REMERX-MERIDA TEAM Kolín | Row 11 - Cell 2 |
| 13 | Václav Metlicka (Svk) Johnson Controls TJ Auto Škoda | 0:02:31 |
| 14 | David Kášek (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | 0:02:47 |
| 15 | Filip Adel (Cze) KC Hlinsko | 0:02:53 |
| 16 | Martin Haring (Svk) CK Banská Bystrica | 0:02:59 |
| 17 | Jirí Novák (Cze) REMERX-MERIDA TEAM Kolín | 0:04:44 |
| 18 | Radek Polnický (Cze) Madeta - Fitness / Specialized | Row 17 - Cell 2 |
| 19 | Wojciech Halejak (Pol) HP-SFERIS | 0:04:49 |
| 20 | Tomáš Podrazil (Cze) TJ Sokol Holé Vrchy | Row 19 - Cell 2 |
| 21 | Tomáš Bohata (Cze) REMERX-MERIDA TEAM Kolín | 0:05:51 |
| 22 | Karel Nepraš (Cze) ACK Stará Ves n. Ondrejnicí | 0:06:22 |
| 23 | Michal Malík (Cze) KC KOOPERATIVA SG JABLONEC n.N | Row 22 - Cell 2 |
| 24 | Jirí Rehák (Cze) Johnson Controls TJ Auto Škoda | 0:06:47 |
| 25 (-1 lap) | Michael Kubín (Cze) Johnson Controls TJ Auto Škoda | Row 24 - Cell 2 |
| 26 | Jakub Rydval (Cze) KC KOOPERATIVA SG JABLONEC n.N | Row 25 - Cell 2 |
| 27 (-2 laps) | Lukáš Venc (Cze) MAPEI CYKLO KANKOVSKÝ | Row 26 - Cell 2 |
| 28 | Lukáš Mitas (Cze) RBB INVEST Jindrichuv Hradec | Row 27 - Cell 2 |
| 29 (-3 laps) | Pawel Wiendlocha (Pol) Dobre Sklepy Rowerowe - Author | Row 28 - Cell 2 |
| 30 | Jan Svoboda (Cze) YOGI RACING Ostrava | Row 29 - Cell 2 |
| 31 | Roland Mörx (Aut) ARBÖ Radsport Kiesl | Row 30 - Cell 2 |
| 32 | Zbynek Holubovský (Cze) GALAXY CYKLOŠVEC | Row 31 - Cell 2 |
| 33 | Jan Brezna (Cze) KC KOOPERATIVA SG JABLONEC n.N | Row 32 - Cell 2 |
| 34 (-4 laps) | Vladislav Karásek (Cze) XCS SVORADA SIDI | Row 33 - Cell 2 |
| 35 | Michal Bednár (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | Row 34 - Cell 2 |
| 36 | Pavel Kopecký (Cze) TJ Lokomotiva Beroun | Row 35 - Cell 2 |
| 37 | Marcel Kachlír (Cze) FOCUS CYCLING ZNOJMO | Row 36 - Cell 2 |
| 38 (-5 laps) | Radek Bechynský (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | Row 37 - Cell 2 |
| 39 | Vít Rehák (Cze) REMERX-MERIDA TEAM Kolín | Row 38 - Cell 2 |
| 40 | Václav Svatoš (Cze) TJ Sokol Holé Vrchy | Row 39 - Cell 2 |
| 41 | Tomáš Nový (Cze) CEZ Cyklo Team Tábor | Row 40 - Cell 2 |
| 42 | Jan Svorada (Cze) MERIDA BIKING TEAM | Row 41 - Cell 2 |
